«Я — Рэйко Сиратори!»

Синдзи Икари становится пилотом робота "Евангелион" для защиты человечества от существ под названием "Ангелы". Вместе с другими пилотами - Аской Лэнгли Сорью и Рэй Аянами - он участвует в сражениях против этих существ, угрожающих уничтожением городов и населения. Организация WILLE проводит военные операции, включая парижскую миссию по отражению атак беспилотных роботов.

После успешного выполнения операций человечество получает возможность восстановить инфраструктуру и доступ к запчастям для "Евангелионов". Однако Синдзи переживает психологический кризис, связанный с гибелью Каору Нагисы, что почти приводит к Четвёртому удару. Персонажи направляются в Третью деревню - один из сохранившихся населённых пунктов на Земле.

Группе пилотов предстоит продолжить борьбу с новыми угрозами, от исхода которой зависит дальнейшее существование человечества и состояние планеты. "Евангелионы" снова отправляются на боевое задание для противодействия очередной опасности.